Schon in den 70iger Jahren gab es erste Bestrebungen seitens der Kirchen, im Hauptbahnhof Zürich präsent zu sein. Anfangs der 90iger Jahre nahm der ökumenische Pfarrkonvent der Innenstadt diese Ideen auf und konnte die Landeskirchen und Stadtverbände für dieses Projekt gewinnen. Im Anschluss begannen die Gespräche mit den SBB, die sich zunächst eine Kirche im Hauptbahnhof nicht vorstellen konnten. Die interreligiöse Offenheit und die dauerhafte personelle Betreuung während der Öffnungszeiten vermochten dann im Jahr 2000 die endgültige Zustimmung der SBB zu erreichen. Ein geeigneter Ort im Hauptbahnhof wurde glücklicherweise bald gefunden.
Anfangs 2001 kamen die Seelsorger Toni Zimmermann von der katholischen und Roman Angst von der reformierten Kirche zum Projekt. Zusammen mit dem Architekten Rudolf Mathys realisierten die beiden Seelsorger ihre Vorstellungen von einem sinnvollen Angebot im Hauptbahnhof Zürich. Eröffnet wurde die Bahnhofkirche an Pfingsten 2001.
